Prova a selezionare prima i duplicati, poi eliminali
DELETE FROM usa_city WHERE city_id IN
(
SELECT city_id FROM usa_city
GROUP BY city_name, id_state
HAVING count(city_id) > 1
)
Spero che aiuti!!!
MODIFICATO:in base al commento, se desideri conservare un record , puoi creare un join e mantenere il valore più basso
DELETE c1 FROM usa_city c1, usa_city c2 WHERE c1.id < c2.id AND
(c1.city_name= c2.city_name AND c1.id_state = c2.id_state)
Assicurati di fare un backup prima di eseguire la query sopra...