Prova a ridurre significativamente le dimensioni della cache delle query. 1G è probabilmente troppo grande.
Inizia con 16M o 32M e regola query_cache_limit di conseguenza (256K?) e sali man mano che le prestazioni di lettura aumentano senza raggiungere "In attesa di blocco della cache delle query" durante le scritture.
"Fai attenzione a ridimensionare eccessivamente la cache delle query, il che aumenta l'overhead richiesto per mantenere la cache, forse oltre il vantaggio di abilitarla. Le dimensioni in decine di megabyte sono generalmente vantaggiose. Le dimensioni in centinaia di megabyte potrebbero non esserlo."http://dev.mysql.com/doc/refman/ 5.6/en/query-cache.html
