Attualmente, MySQL eseguirà tutte le selezioni su un'unione anche se ci sono abbastanza righe nelle prime query, come menzionato da @Yuki Inoue nella loro risposta. Usando la risposta di @ user1477929, puoi riscrivere la tua query come:
(SELECT a FROM t1 WHERE a=10 AND B=1 LIMIT 1000)
UNION ALL
(SELECT a FROM t2 WHERE a=11 AND B=2 LIMIT 1000)
UNION ALL
(SELECT a FROM t3 WHERE a=12 AND B=3 LIMIT 1000)
ORDER BY a LIMIT 1000;
che ti darà al massimo 1000 righe e non scansiona mai più di 3000.