Dipende dal motore di archiviazione in uso. Le tabelle MyISAM non supportano gli indici cluster, quindi le chiavi primarie sulle tabelle MyISAM non sono raggruppate. La chiave primaria su una tabella InnoDB, tuttavia, è in cluster.
Dovresti consultare il manuale MySQL per ulteriori dettagli sui pro e contro di ciascun motore di archiviazione.
Devi avere una chiave primaria; se non ne crei uno tu stesso, MySQL ne creerà uno nascosto per te. Potresti sempre creare un campo AUTO_INCREMENT per la chiave primaria (penso che sia preferibile che MySQL abbia campi nascosti nella tua tabella).