Mysql
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Query MySql self JOIN

Puoi usare l'aggregazione qui:

SELECT job_id
FROM skill_usage
WHERE skill_id IN (3, 4)
GROUP BY job_id
HAVING MIN(skill_id) <> MAX(skill_id);

Questa query dovrebbe beneficiare del seguente indice:

CREATE INDEX idx ON skill_usage (skill_id, job_id);

Sia il WHERE e HAVING le clausole, come scritte, sono sargable e dovrebbe essere in grado di sfruttare questo indice.