Puoi usare l'aggregazione qui:
SELECT job_id
FROM skill_usage
WHERE skill_id IN (3, 4)
GROUP BY job_id
HAVING MIN(skill_id) <> MAX(skill_id);
Questa query dovrebbe beneficiare del seguente indice:
CREATE INDEX idx ON skill_usage (skill_id, job_id);
Sia il WHERE
e HAVING
le clausole, come scritte, sono sargable e dovrebbe essere in grado di sfruttare questo indice.