MySQL non ti consentirà di modificare l'indicizzazione di una colonna Auto-Index una volta creata. Quello che faccio è eliminare la colonna Auto-Index e quindi aggiungerne una nuova con lo stesso nome, mysql indicizzerà la colonna appena generata senza spazi vuoti. Eseguire questa operazione solo su tabelle in cui l'indice automatico non è rilevante per il resto dei dati ma viene semplicemente utilizzato come riferimento per aggiornamenti ed eliminazioni.
Ad esempio, di recente l'ho fatto per una tabella contenente proverbi in cui la colonna Auto-Index è stata utilizzata solo quando ho aggiornato o eliminato un proverbio ma avevo bisogno che l'Auto-Index fosse sequenziale poiché i proverbi vengono estratti tramite un numero casuale compreso tra 1 e il conteggio dei proverbi, la presenza di lacune nella sequenza potrebbe aver portato il numero casuale a indicare un indice inesistente.
HTH