Presumo che la configurazione sia per utente. Innanzitutto ti suggerirei di scrivere una classe wrapper che accederà alla configurazione. In questo modo potresti cambiare solo il nucleo della configurazione in una classe non in tutto il codice.
class configuration {
public function get_user_configuration() {
// return users configuration
}
}
Penso che sarebbe più facile memorizzare la configurazione nel database. Perché allora la configurazione verrà probabilmente salvata quotidianamente e potrà essere facilmente esportata.
La memorizzazione nella cache di questa configurazione è una buona idea. Il modo più semplice sarebbe memorizzarlo nella cache in sessione. Potresti anche provare memcache o APC.