Come @Fabrice- SonarQube Team ha suggerito di eseguire SonarQube Server su Mysql. Se vuoi controllare puoi controllare nel file Sonar.properties.
per rimuovere questo problema devi modificare my.cnf(Linux) o my.ini(per Windows).
[mysqld]
max_allowed_packet=256 milioni
se vuoi impostare lo stesso a livello globale. Accedi a Mysql ed esegui il comando seguente.
SET GLOBAL max_allowed_packet=1073741824;
Una volta eseguite queste impostazioni, riavvia Mysql Server.