Autocommit non ti aiuterà qui, start transaction lo sovrascrive.
Le transazioni in sospeso verranno rollback non appena la connessione scade OPPURE il client si riconnette, a seconda dell'evento che si verifica per primo.
Non è possibile eseguire una transazione in sospeso, l'unica opzione possibile è un rollback.
Se vuoi comprendere l'output dello stato di InnoDB, consulta:
http://www.mysqlperformanceblog.com/2006/07/17/show-innodb-status-walk-through/
