Non so come stai importando i CSV, ma il modo in cui lo farei è scrivere uno script (php/perl) per leggere ogni file, arrotondare o tagliare il timestamp a secondi ed eseguire istruzioni INSERT sul DATABASE.
Qualcosa come
<?php
$file=fopen("your.csv","r");
mysql_connect ($ip, $user, $pass);
while(!feof($file))
{
$line = explode(',',fgets($file));
mysql_query("INSERT INTO TABLE1 (ID, DATE) values (".$line[0].", ".substr($line[1],0,19).")");
}
fclose($file);
?>
Eseguilo dalla riga di comando e dovrebbe fare il lavoro
