dovrei creare un indice per questo?

Non vedo perché dovresti eliminare l'indice. Basta crearlo una volta sul rowid se non è già definito come chiave primaria su ciascuna di quelle tabelle, nel qual caso è già indicizzato.

Infine, invece di cancellare e poi reinserire i dati, potresti forse, se possibile, fare un aggiornamento che sarebbe nel complesso più veloce.