COME creare un join in MySQL in cui la chiave è una sottostringa della chiave2?

Se refs.isbn è substr di pdfrefs.isbn potresti usare un semplice like per unirti

SELECT
    dfrefs.title,
    pdfrefs.isbn,
    REGEXP_SUBSTR(refs.isbn,pdfrefs.isbn),
    refs.url,
    refs.isbn,
    pdfrefs.link_to_pdf
FROM refs
JOIN pdfrefs ON  pdfrefs.isbn like concat('%',refs.isbn, '%');