Puoi usare Limit
sulla tua eliminazione e prova a eliminare i dati in batch di diciamo 10.000 record alla volta come:
DELETE
FROM t
WHERE date="2013-11-24"
LIMIT 10000
Puoi anche includere una clausola ORDER BY in modo che le righe vengano eliminate nell'ordine specificato dalla clausola:
DELETE
FROM t
WHERE date="2013-11-24"
ORDER BY primary_key_column
LIMIT 10000