Sembra che tu voglia fare in modo che uno dei database agisca come slave per l'altro, in questo modo tutti gli aggiornamenti sul master verranno automaticamente propagati allo slave. La Documentazione MySQL ha molti dettagli su questo.
Se volevi essere in grado di apportare aggiornamenti a uno dei database e farli replicare sull'altro, penso che sia anche possibile configurare MySQL per utilizzare la replica multi-master.