Nessuno dei due è vero.
L'espressione:
c1=c2=1
viene valutato come:
c1=(c2=1)
Per MySql l'espressione booleana c2=1 restituisce 0 o 1 per false o true rispettivamente.
Quindi 0 o 1 verrà assegnato a c1 e in questo caso da c2=1 è false il risultato sarà 0 .
Devi utilizzare assegnazioni separate per ciascuna colonna:
update t1
set
c1=1,
c2=1;