JDBI non è molto adatto per la costruzione di query dinamiche. IMO il punto centrale di questa libreria è separare il più possibile il codice e le query SQL.
Tuttavia, il tuo caso particolare potrebbe essere risolto tramite SQL:
COALESCE(:foo, foo)
se 'foo' è il nome della colonna nella tabella e :foo si risolverà in NULL, allora mysql SET sarà effettivamente
SET foo=foo
cioè non farà nulla (che è il comportamento desiderato nel tuo caso). Se :foo non è null, sarà equivalente a
SET foo=:foo
