Sono piuttosto imbarazzato, ma nel caso ci sia qualcun altro là fuori e debba affrontare qualcosa del genere a causa della sua stupidità,
l'errore era dovuto al fatto che la cartella era condivisa tra Windows e Linux e bundler era stato eseguito in precedenza su Windows. Quando si utilizzava Ubuntu, venivano raccolte le librerie di Windows installate in precedenza, invece di quelle native di Linux. Pulizia del vendor/cache
risolto il problema