Dovresti impostare una chiave composta tra i due campi. Ciò richiederà uno stone_id e un upcharge_title univoci per ogni riga.
Per quanto riguarda la ricerca dei duplicati esistenti, prova questo:
select stone_id,
upcharge_title,
count(*)
from your_table
group by stone_id,
upcharge_title
having count(*) > 1