(In generale al giorno d'oggi farei tutto in UTF-8.) C'è una lunga pipeline di punti in cui è possibile impostare la codifica. Dal servizio web probabilmente ottieni XML in UTF-8. Questo viene letto automaticamente correttamente, poiché XML gestisce la codifica strict.
A livello di database c'è il database e la tabella e il campo con una codifica predefinita ed esplicita. Inoltre l'URL di connessione deve essere parametrizzato sulla codifica corretta.
Il messaggio di errore mostra i byte UTF-8 per quella A accentata e suppongo che non sia disponibile in Latin1. Per MySQL la stringa di connessione potrebbe essere simile a:
jdbc:mysql://localhost/MYDB?useUnicode=true&characterEncoding=UTF-8
