Posso darti l'idea di base di come puoi farlo. Basta creare un collegamento per ogni riga che reindirizzerà il controllo a delete.php (il file che eseguirà l'eliminazione.) Il controllo verrà reindirizzato solo nel caso in cui l'utente confermerà l'operazione di eliminazione. Il collegamento può essere così.
<a class="button" href="<?php echo base_url();?>delete.php/<?php echo $row->id;?>" onclick="javascript: return confirm('Are you SURE you wish to do this?');">Delete</a>