Ho avuto esattamente lo stesso problema che hai segnalato. La mia connessione ODBC utilizzava il driver MySQL ODBC 5.3 Unicode (/usr/local/lib/libmyodbc5w.so) Anche se potevo connettermi con iSQL, i comandi SQL effettivi stavano restituendo spazzatura.
Ho provato a cambiare il mio odbc.ini per utilizzare invece il driver ANSI (/usr/local/lib/libmyodbc5a.so). Ha funzionato e ora RODBC può connettersi al mio database MySQL.