Abbiamo appena riscontrato questo problema e siamo riusciti a trovare una soluzione che funzionasse per noi. Sembra che Flyway utilizzi almeno due connessioni:una per bloccare schema_version table e uno per eseguire effettivamente gli alter. Questo problema si verifica quando le modifiche impiegano abbastanza tempo da causare il blocco della connessione di schema_version tabella al timeout. Il modo più semplice per risolvere questo problema è aumentare il wait_timeout di MySQL a qualcosa di relativamente grande. Nel nostro caso lo impostiamo a 480 minuti (o 28800 secondi):
set global wait_timeout=28800;
