Spazialite/mysql supporta il punto 3D?

Sì, Spatialite supporta le geometrie 3D (in realtà geometrie 2.5D).

Sul motivo per cui non funziona per te, probabilmente la colonna della tua geometria non è definita come XYZ . Puoi controllare i metadati della geometria con la query:

SELECT * FROM geometry_columns;