Semplice, usa un gruppo per bookid per limitare i risultati a una riga per libro. Puoi usare group_concat per vedere ancora tutte le categorie in un elenco CSV.
SELECT book.bookid, book.author, book.title, group_concat(category.categorydesc)
FROM book
JOIN bookscategories ON book.bookid = bookscategories.bookid
JOIN category ON bookscategories.categoryid = category.categoryid
GROUP BY book.book_id
Vedi:http://dev .mysql.com/doc/refman/5.0/en/group-by-functions.html#function_group-concat