Prova a sostituire la sottoquery con un join:
SELECT *
FROM files f
LEFT OUTER JOIN reades r on r.file_id = f.file_id
WHERE r.file_id IS NULL
Ecco un link a un articolo su questo problema . L'autore di quell'articolo ha scritto una procedura memorizzata per costringere MySQL a valutare le sottoquery come indipendenti. Dubito che sia necessario in questo caso però.
