Puoi utilizzare il database incorporabile H2 per questo caso. Viene fornito come un unico jar che può essere incluso nella tua app (contiene tutto incluso il driver e il motore). I dati verranno scritti in una determinata posizione sul disco (file db) in modo che anche i dati archiviati siano portatili. H2 è abbastanza robusto e supporta le query SQL standard. È una scelta popolare per tali casi d'uso.