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LOAD DATA LOCAL INFILE Problema MySQL/PHP

Sto solo provando qui (non sicuro al 100%) ma hai provato ad aggiungere le colonne di destinazione in questo modo:

mysql_query("LOAD DATA LOCAL INFILE '".$_FILES['my_file']['tmp_name']."' 
     INTO TABLE table_tracking FIELDS TERMINATED BY ',' 
     OPTIONALLY ENCLOSED BY '\"' 
     LINES TERMINATED BY '\n'
     (tracking_number,order_id)");

Hai tre colonne nella tabella e stai fornendo solo due dati.