Sto solo provando qui (non sicuro al 100%) ma hai provato ad aggiungere le colonne di destinazione in questo modo:
mysql_query("LOAD DATA LOCAL INFILE '".$_FILES['my_file']['tmp_name']."'
INTO TABLE table_tracking FIELDS TERMINATED BY ','
OPTIONALLY ENCLOSED BY '\"'
LINES TERMINATED BY '\n'
(tracking_number,order_id)");
Hai tre colonne nella tabella e stai fornendo solo due dati.