Se disponi delle autorizzazioni appropriate, puoi farlo direttamente in MySQL con il LOAD DATA INFILE comando, vedere http://dev.mysql.com/ doc/refman/4.1/en/load-data.html
o mysqlimport utilità, vedere http://dev.mysql.com/doc/ refman/4.1/en/mysqlimport.html
Entrambi i metodi ti permetteranno di specificare in quali colonne devono essere inseriti i dati, ad esempio:
LOAD DATA INFILE 'myfile.txt' INTO TABLE 'mytable' (col1, col2, col3, ...)
o
mysqlimport --columns='col1,col2,...' tablename.csv
Se intendi farlo da PHP, dovresti essere in grado di leggere ogni riga del file CSV ed eseguire una query SQL INSERT appropriata nominando le colonne appropriate (anche se non sarà efficiente come farlo direttamente in MySQL).
EDIT:devo aggiungere che non hai menzionato cosa hai provato finora o cosa trovi difficile; se sei bloccato su qualcosa in particolare, piuttosto che cercare solo suggerimenti su come farlo, aggiorna la domanda per dirlo.
