Ti consiglio di aggiornare workbench, stavo riscontrando lo stesso problema solo quando uso il mio mac, le tabelle sono state create senza vincoli ma se esegui SQL generato creerà tutto correttamente, uso le mie finestre per creare e ha funzionato perfettamente, poi dopo molti test aggiorno la versione di workbench sul mio mac e ora tutto funziona perfettamente.
