Puoi usare mysqldump -A
per generare dump sql per tutti i database.
Riferimento:http://dev.mysql.com/doc/refman /5.1/en/mysqldump.html
In alternativa, puoi anche semplicemente copiare la directory dei dati acutal.
Modifica:mi scuso per non essere specifico, poiché altri hanno notato che funzionerà solo ISAM. Per innodb, dovrai eseguire il backup utilizzando mysqldump o un'altra utilità come phpMyAdmin.