MySQL ha tabelle di sicurezza che determinano chi è autorizzato a connettersi e da quale indirizzo IP host.
Ecco un buon articolo su come farlo:
http:/ /www.cyberciti.biz/tips/how-do-i-enable-remote-access-to-mysql-database-server.html
Se hai molte connessioni, considera la configurazione di un server per accettare le connessioni e parlare con il server sql. L'approccio più semplice è configurare un'interfaccia REST e utilizzare un server Web. I server Web sono generalmente anche altamente ottimizzati e relativamente privi di bug.
In un'architettura simile su AWS, uso felicemente nginx.