Grazie al commento di @marcus-adams, l'ho capito. È necessario utilizzare '/qn', '/x' e '{installer:mysqlUninstallKey}' come argomenti separati nell'azione 'Esegui file eseguibile o batch' di install4j. Se usi 1 argomento con spazi, non funziona. Con questo funziona a 32 bit e 64 bit.
