Inizia a correre.
Adesso!
Scherzi a parte, non farlo. Non creare un database per utente. È un inferno da amministrare, mantenere e interrogare. Cosa succede se hai bisogno di sapere quali utenti hanno effettuato l'accesso ieri? Vuoi interrogare ogni database??
La struttura di cui hai bisogno è la stessa, cambia solo la quantità di dati. Basta avere un database, vedere come va e quindi ottimizzare/mettere a punto.
Odio sollevare questa citazione, ma nel tuo caso si applica totalmente:
Non cercare di ottimizzare la tua soluzione prima sai dove saranno i tuoi colli di bottiglia.
Basta modellare il tuo database nel miglior modo possibile. Preoccupati dei tuoi vincoli, PK, FK, indici. Fai il tuo database-design compiti a casa. Quindi fai funzionare i tuoi dati e software. Solo allora vedrai dove funziona e dove fa male. In questo momento ottimizzi.
Attacca il tuo nemico solo quando sai chi è.