Lo stato prima di tutto. Il trucco è quindi se hai solo bisogno di eseguire query per categoria, puoi.
SELECT * from table where status in (1,0) and category = 'whatever'
e ottieni ancora il supporto dell'indice. Ovviamente se le tue query utilizzano tutte entrambe le colonne, è lo stesso in entrambi i casi, ma in questo caso se usi solo lo stato è molto meglio, e solo la categoria solo leggermente peggiore se non del tutto.
Se stai guardando anche molti inserti, vuoi ridurre al minimo il numero di indici, quindi questa è la soluzione migliore piuttosto che avere più indici.