Sì, questo è possibile, fuori dagli schemi.
Devi definire due gruppi nella tua configurazione, uno per mysql e uno per mongodb. Nella tua applicazione puoi quindi caricare questi database in base al nome del gruppo.
Nel tuo confugration.php:
$db['mysql']['hostname'] = "localhost";
$db['mysql']['username'] = "root";
$db['mysql']['password'] = "";
$db['mysql']['dbdriver'] = "mysql";
//... (full config omitted for brevity)
$db['mongodb']['hostname'] = "localhost";
$db['mongodb']['username'] = "root";
$db['mongodb']['password'] = "";
$db['mongodb']['dbdriver'] = "mongodb";
//... (full config omitted for brevity)
E poi caricheresti i tuoi database come segue:
$mysqlDB = $this->load->database('mysql', TRUE);
$mongoDB = $this->load->database('mongodb', TRUE);
Dai un'occhiata alla guida per l'utente su come connettersi a più database e su come specificare i gruppi di configurazione .