mySQL somma di due valori in 2 tabelle diverse

Devi UNION le due tabelle:

SELECT reference, SUM(quantity) AS total_quantity
FROM (
  SELECT reference, quantity
  FROM table_1

  UNION ALL

  SELECT reference, quantity
  FROM table_2) AS t
GROUP BY reference

In questo modo hai la garanzia di ottenere un record per un reference valore anche se è contenuto solo in una delle due tabelle.