Come hai detto, il tuo persistence.xml è in src/main/resources quindi potrebbe non essere in grado di leggerlo
devi inserirlo in src/main/resources/META-INF
Un'altra cosa aggiungi
<property name="openjpa.jdbc.SynchronizeMappings" value="buildSchema(ForeignKeys=true)"/>
al tuo persistence.xml.
Se aggiungi openjpa.jdbc.SynchronizeMappings proprietà come mostrato di seguito OpenJPA creerà automaticamente tutte le tue tabelle, tutte le tue chiavi primarie e tutte le chiavi esterne esattamente in modo che corrispondano ai tuoi oggetti
