Come convertire la tabella MySQL in JSON usando PHP?

Per andare sul sicuro, usa json_encode così:

$real = array_map(function($a) { return $a["real"]; }, $rows);
$orcamento = array_map(function($a) { return $a["orcamento"]; }, $rows);
$desvio = array_map(function($a) { return $a["desvio"]; }, $rows);

echo json_encode(array(
    array('name' => 'orcamento', 'data' => $orcamento),
    array('name' => 'real', 'data' => $real),
    array('name' => 'desvio', 'data' => $desvio)
));

(ma in sostanza nel tuo output originale il [ e ] per circondare gli oggetti mancano e devi usare le virgolette " per citare chiavi e stringhe)