Se hai creato un database INNODB e non hai apportato altre modifiche alla configurazione per archiviare i dati effettivi in tablespace separati, tutti i dati effettivi per quel database INNODB saranno stati archiviati in \wamp\bin\mysql\mysql5.6.17\ibdata1
file.
Se non hai quel file della vecchia installazione, i tuoi dati andranno persi.
Ci saranno anche informazioni in un \wamp\bin\mysql\mysql5.6.17\data\DATA_BASE_NAME\
cartella, un file .frm per ogni tabella presente nel database, ma in pratica si tratta solo di informazioni sullo schema e non di dati effettivi.
Per riferimento futuro, InnoDB Backup and Recovery