Con il codice sopra, la connessione MySQL veniva chiusa correttamente. È solo che l'interruzione della connessione non veniva visualizzata sui registri di Mysql.
Quando ho controllato Mysql processlist, è stato verificato che la connessione si stava chiudendo correttamente.
Oltre al problema precedente, se ci sono istruzioni di query da eseguire utilizzando pdo, anche l'oggetto gestore istruzioni pdo deve essere distrutto per chiudere la connessione mysql come indicato in php-mysql-pdo-connection-not-closing-without-destroying-statement-handler .