Mysql
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Unisci due tavoli ed estrai il prezzo più basso con più condizioni (più sku)

Questo sembra dare i risultati desiderati:

SELECT p.*, x.supplier AS supplier, x.price , x.quantity AS quantity 
FROM table_prices x 
JOIN table_products p ON (p.sku = x.sku OR p.sku2 = x.sku OR p.upc = x.upc OR p.ean = x.ean)
WHERE x.price = (SELECT MIN(x2.price) FROM table_prices x2 WHERE (p.sku = x2.sku OR p.sku2 = x2.sku OR p.upc = x2.upc OR p.ean = x2.ean))
ORDER BY category, price