Dalla tua domanda, presumo che tu possa lavorare perfettamente con il tuo database, ma questo errore si verifica spesso dopo un determinato periodo di tempo in cui la connessione è attiva...
Supponiamo che tu stia usando node-mysql
Fonte:https://github.com/felixge/node-mysql #gestione degli errori
Il tuo errore interrompe la connessione al database :
// I am Chuck Norris:
connection.on('error', function() {});
Da questo puoi controllare lo stato della connessione ed eseguire una riconnessione se necessario.
Potresti anche provare a connetterti manualmente al tuo servizio mysql e modificare il timeout della richiesta :
wait_timeout” : the amount of seconds during inactivity that MySQL will wait before it will close a connection on a non-interactive connection in seconds.
http://www.serveridol.com/2012/ 13/04/mysql-interactive_timeout-vs-wait_timeout/
https://support.rackspace.com/how-to/how-to-change-the-mysql-timeout-on-a-server/
