Non puoi davvero ottenere risultati nidificati, ma puoi usare GROUP_CONCAT(DISTINCT store_items.ID ORDER BY ID) AS siIDs
per ottenere un elenco di valori id separati da virgole.
Puoi anche modificare il separatore
http://dev.mysql .com/doc/refman/5.7/en/group-by-functions.html#function_group-concat