Puoi aprire due connessioni. Usane uno per leggere dal server di origine, gli altri due si inseriscono nel server di destinazione. Usa il ON DUPLICATE KEY IGNORE
opzione per evitare errori quando tenti di sovrascrivere le righe esistenti, quindi inserisce solo le righe mancanti.
$pdo1 = new PDO('mysql:host=server1;dbname=xxx', $username1, $password1);
$pdo2 = new PDO('mysql:host=servrer2; dbname=xxx', $username2, $password2);
$insert_stmt = $pdo2->prepare("INSERT INTO yourTable (col1, col2, col3, ...) VALUES (:col1, :col2, :col3, ...) ON DUPLICATE KEY IGNORE");
$select_results = $pdo1->query("SELECT * FROM yourTable");
while ($row = $select_results->fetch(PDO::FETCH_ASSOC)) {
$insert_stmt->execute($row);
}