Penso che questo sia quello che vuoi:
SELECT date(time),
count(distinct userid) / cd.cnt
FROM activity_entries ae join
(select count(distinct userid) as cnt
from activity_entries) cd
GROUP BY date(time);
Utilizza una sottoquery per calcolare il totale degli utenti distinti nella tabella e quindi divide il numero di utenti in ogni giorno per ottenere la proporzione.