Mi sono imbattuto in questo stesso problema durante l'implementazione di SugarCRM come soluzione multi-tenant. Hai un paio di opzioni.
1) Entra in Studio e imposta la dimensione dei tuoi campi su un valore più piccolo. Ogni carattere in un campo varchar ha una dimensione media di pochi byte. Pertanto, se riduci la quantità di caratteri consentiti per ciascuno dei tuoi campi in studio, consentirai più campi nel tuo modulo. (vedi http://dev.mysql.com /doc/refman/5.0/en/column-count-limit.html ).
2) Dividi quei campi in un paio di moduli che si riferiscono a un modulo genitore. Questo distribuirà i tuoi campi su più di 1 tabella impedendoti di raggiungere il limite.
Sarei felice di aiutarti ulteriormente se hai bisogno di una spiegazione più approfondita di entrambe le soluzioni.