mysql_query() non fa parte di PDO, quindi le DLL che stai controllando (che sono le dll di PDO per il supporto di MySQL) non sono quelle che dovresti controllare. Vuoi controllare php_mysql.dll (.so su server Linux).
Ma PDO è sicuramente il modo giusto per accedere a MySQL. È molto meglio che usare mysql_query().
Maggiori informazioni qui, sulla pagina PDO di PHP .
