Il server MySQL è andato via su UPDATE (enorme QUERY, circa 85 MB) utilizzando mysli PHP

Fatto ! Il colpevole era la compressione mysql:https://dev. mysql.com/doc/refman/5.7/en/gone-away.html

Rimossa la compressione e tutto funziona! :)-- Questa risposta dovrebbe essere nota a tutti per evitare più ore di puro mal di testa ---