Opinione personale:Non dovresti usare MyISAM per niente di nuovo. InnoDB supporta un sacco di funzionalità che MyISAM non ha, le più importanti sono le transazioni, seguite dall'integrità referenziale e un sacco di altri elementi.
Molte persone cercheranno di sostenere che MyISAM è più veloce e quindi ha ancora un posto, ma a) quel divario si è ridotto considerevolmente e gli aumenti di velocità possono essere eseguiti al di fuori del database (ad esempio, memcached, ecc.) e b) un database veloce con dati errati non è poi così utile.