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come eseguire mysql_fetch_array su tabelle unite, ma le colonne hanno lo stesso nome

La tua ipotesi era giusta. Devi creare un ALIAS per le colonne in modo da poterlo recuperare in modo univoco,

SELECT a.name Name1, b.name Name2
FROM tablea a 
JOIN tableb b ON a.id = b.id

quindi ora puoi chiamare

$row['Name1']